La Commission Interméditerranéenne se réunit une fois par an en Assemblée générale. Chaque Région dispose d’une voix pour voter les principales décisions politiques et les éléments budgétaires.
Elle se réunit également en Assemblée plénière une fois an en marge de l’Assemblée générale annuelle de la CRPM. Tout membre de la Commission Interméditerranéenne est obligatoirement membre de la CRPM.

La Commission Interméditerranéenne dispose d’un Bureau politique qui se réunit deux à trois fois par an en fonction des besoins de l’actualité. Le Bureau politique désigne ses membres pour une période de deux ans, chaque pays disposant d’un certain nombre de membres. C’est également le bureau politique qui élit le Secrétaire exécutif avant que sa nomination ne soit ratifiée par l’Assemblée générale ou la plénière).